A Secretaria de Saúde de Barro Alto, integrada ao Sistema Único de Saúde, que tem como objetivo obedecer aos princípios da universalidade, integralidade e equidade, conforme determinação da Lei 8.080/90, da Lei 8.142/90, da Constituição Federal e da Lei Orgânica deste Município, e em conformidade com as deliberações do Conselho Municipal de Saúde, incumbe-se de formular e fazer
cumprir a política de saúde do Município, especialmente:

1. Aplicar os recursos financeiros captados pelo Município;
2. Coordenar, orientar e acompanhar a elaboração e execução do Plano Municipal de Saúde;
3. Garantir ações de promoção, proteção e recuperação da saúde de forma articulada com outros setores; 
4. Organizar os serviços com base na regionalização por níveis de complexidade, permitindo maior conhecimento dos problemas de saúde, favorecendo o desenvolvimento de ações de vigilância que tenha impacto coletivo e individual sobre a saúde; 
5. Participar do planejamento, programação e organização da rede regionalizada e hierarquizada do Sistema Único de Saúde – SUS, no seu âmbito de atuação, em articulação com a direção estadual do Sistema e de acordo com normas federais na área de saúde;
6. Promover e supervisionar a execução de cursos de capacitação para os profissionais da área da saúde do Município;
7. Administrar as unidades de saúde, sob responsabilidade do Município;
8. Coordenar e executar as ações programadas e pactuadas entre os Entes Federativos, garantindo a correta aplicação dos recursos recebidos pela Prefeitura; estabelecer os registros e demais instrumentos necessários à obtenção de dados e informações para o planejamento, controle e avaliação dos programas e ações da Secretaria;
9. Promover e supervisionar a administração dos serviços relativos ao Fundo Municipal de Saúde;
10. Desempenhar outras atividades afins.